再生発生学講座は昭和49年5月に解剖学講座として開設され、中山知雄教育担当副校長兼医学教育部長が日本大学医学部から着任し教授を兼任した。昭和50年度に解剖学第二講座が開設され、当講座は解剖学第一講座と改称された。研究室は昭和50年8月所沢移転後、高等看護学院内を経て、翌年3月現在の場所に移転された。実習用遺体は、昭和50年1月21日に初めて受け入れたが、当時は保存設備を有していなかったため、日本大学医学部に保存を依頼していた。昭和51年度に専門課程校舎内に解剖実習室、組織病理実習室、同準備室等が整備されたことにより本校での遺体の保存ができるようになり、同時に組織学実習用標本作製も始まった。最初の解剖実習は昭和51年10月（第3学年）に開始された。創設当初は実習関係全般に携わっていたが、その後解剖体の取り扱いが第二講座に移管したため、当講座は組織学実習用標本の作製・拡充に努めることとなる。
昭和56年6月1日、東京大学医学部から大江規玄教授が着任し、同日付をもって中山教授は当講座教授兼任を解かれた。翌年4月には東北大学歯学部から金田一孝二助教授が着任し昭和58年6月まで在職した。大江規玄教授は昭和61年3月定年退官した。
昭和61年4月東京大学医学部から吉岡正彦教授が着任した。平成6年1月、生化学第二講座より澤崎嘉男助教授が移動し、平成13年4月に相模女子大栄養学講座教授として栄転された。吉岡教授は、平成7年度に動物施設長を勤めた後、翌平成8年4月から9月末まで防衛医学研究センター準備室長として尽力し、同年10月より平成15年3月まで初代防衛医学研究センター長としてセンターの研究環境整備に努め、平成16年3月に定年退官した。
平成16年4月に日本医科大学より今城純子教授が解剖学第一講座に着任した。平成18年4月に講座名が再生発生学講座と改称された。伊藤正孝（12期生）講師が平成19年4月に准教授に昇任し、平成21年4月に竹内京子指定講師が平成帝京大学ヒューマンケア学部柔道整復学科教授として栄転された。

学生教育は講義・実習とも解剖学講座と協力して行っている。平成5年までは、学年ごとに教育科目は一年交代で分担していたが、現在、再生発生学講座は組織学総論・組織学各論の講義実習、ならびに発生学を担当している。実際の講義・実習においては解剖学講座と協力して行っている。学生教育は単に知識・技術の習得だけに終わらず、実習を通しての人格形成にも重点をおいて指導している。
昭和50年10月に第1期生（第2学年）の解剖学教育が開始されて以来、途中、解剖学関係は、4回のカリキュラム変更（昭和53年度、56年度、63年度、平成15から16年度）を経て現在に至っている。平成15年度はカリキュラムの大幅改訂に伴い解剖学教育も第1学年から始まることになった。平成16年度は、第2・3学年同時の解剖学実習を行った。
研究科は平成8年度に始めて解剖学専攻の学生1名（研究科10期）を受け入れ、平成10年には2名を、平成18年に1名、平成20年に1名を受け入れ、博士（医学）を取得した。

吉岡前教授が防衛医大就任時に飼育し始めた毛が長いICRマウス（毛長マウス、写真1）の遺伝子解析を行い、線維芽細胞成長因子5（FGF5）nullマウスである事を、現解剖学講座との共同研究で明らかとした。FGF5は高血圧との関連の報告もあり、長年飼育していたマウスを代謝疾患研究への使用を開始した。FGF5nullマウスに高脂肪食を離乳直後より与えたところALT、AST、non–HDLコレステロールが野生型に比べ高値を示し、肝組織においてNASHに特徴的な炎症性細胞浸潤、巣状壊死、脂肪沈着、線維化等の所見が認められた。結論としてFgf5nullマウスにおいて肝臓の線維化が認められ、高脂肪食を与える事によりNASHに似た肝細胞障害が引き起こされた。以上から高脂肪食を与えたFgf5nullマウスはNASHの疾患モデルマウスとして有用である可能性が考えられた。
また、伊藤准教授は、主として涙腺の発生と再生、および、口腔傍器官の機能・形態について研究している。口腔傍器官（図）はすべてのほ乳類の頬部にあることが知られていますが、謎の多い臓器で教科書にも載っていない。口腔粘膜由来の上皮性の芯の周囲に感覚小体（図中矢頭）が集まっており、それらを線維性の被膜が幾重にも包んでいるという、特殊な構造をもっているが、機能の詳細等は不明である。この臓器について電子顕微鏡や免疫組織化学染色等の形態学的な手法で研究を進めている。