訓練課程は、幹部自衛官として必要な基礎的資質及び技能を育成することを目的として、訓練、基本的及び部隊実習を本校ならびに陸上、海上、航空自衛隊の各部部隊等において、春、夏、冬に行います。医官は「医師である幹部自衛官」であり、医師であると同時に部下の自衛隊員を指揮・統率しなければなりません。
したがって、種々の状況において、精神的・肉体的に負けることなく判断を行い、職務を遂行することが必要です。災害派遣における医療活動や国際緊急医療援助隊、PKOへの参加など近年、本校の卒業生が活躍する場も増えてきていますが、まさにそういった場面において、医官として訓練された成果が発揮されます。

訓話、解説、ガイダンスなどにより、社会人としてはもとより、将来医師である幹部自衛官として必要な事項について各自の理解と自覚を深め、自己陶治を促進させて伸展性に富んだ人材を育成します。

徒歩訓練では一人ひとりの動作と小隊長以下の指揮法について修得します。体育一般では、自衛隊体操や体力検定種目（腕立て伏せ、腹筋、3,000m走、懸垂、ソフトボール投げ及び走り幅飛び）を実施します。

訓練課程は、幹部自衛官として必要な基礎的資質及び技能を育成することを目的として、訓育、基本教練及び部隊実習を本校並びに陸上、海上及び航空自衛隊の各部隊等において、春、夏、冬に分けて行います。その他、自衛隊が実施する各種行事等に参加及び研修を実施しています。

訓練課程においては、1年次から6年次にわたり、合計507単位を履修します。

訓育：訓話、解説、ガイダンス等により、社会人としてはもとより、将来医師である幹部自衛官としての理解・自覚を深めさせ、伸展性のある人間を育成します。
徒歩教練：自衛隊で行われる基礎的な徒歩教練について体得します。
体育一般：各種体育の基礎技術を修得します。
水泳：各種泳法の基本的事項を演練します。
スキー：プルークボーゲンまでの基礎技術を修得します。
教育法：基礎理論の概要を修得し、実習を通じ教育指導能力の向上を図ります。
部隊実習：自衛隊の訓練並びに業務の概要を理解するため、部隊等において実習を行います。