旧第一外科と第二外科学講座は、2008年4月をもって、大講座制となり、その中に第1、第2、第3として臓器別区分けが設定された。その中で第3は肝胆膵外科、乳腺外科、小児外科を担当する。2008年4月初代教授（山本順司、2018年6月退官）が着任し、肝胆膵外科は山本順司、初瀬一夫（平成26年3月31日定年退官）、乳腺外科は深柄和彦（2002年4月着任、2009年1月退官）、守屋智之（2008年4月着任、2017年6月退官）、小児外科は谷水長丸（2007年10月着任、2017年3月退官）で構成した。2009年6月に佐竹亮介（2012年6月退官）が2010年4月に檜顕成（2015年3月退官）が小児外科に着任した。さらに2011年3月に山崎民大が海自よりのUC転官により乳腺外科に着任し、2012年5月に青笹季文（2019年2月退官）が肝胆膵外科に着任した。2014年4月に野呂拓史（2018年12月退官）、2017年4月に永生高広が肝胆膵外科に着任した。2019年3月岸庸二が2代目教授として着任。2019年4月に岩崎寿光（2022年6月退官）、宮田陽一（2020年11月退官）が肝胆膵外科に着任した。2021年1月に中沢祥子が肝胆膵外科に着任した。
2023年2月現在、岸、山﨑、永生、中沢の4名の教官で講座を運営している。小児外科は非常勤講師及び医師により、外来診療並びに学生講義、臨床実習におけるクルズス等と担当している。手術治療については、東京大学小児外科、埼玉医科大学総合医療センター小児外科、埼玉医科大学国際医療センターを主な連携施設として診療を行っている。
一般外科学は全身の外科的疾患を対象とするが、本講座は消化器癌の中でも、診断が困難で難治の癌が多く高度な治療技術を必要とする肝胆膵外科学、体表の外科学として乳腺疾患を対象とする乳腺外科学、多彩で繊細な診断・治療技術を要する特殊な領域である小児外科学を含み、外科学の中でも専門性の高い分野の集合である。地域の中核医療機関として周辺地域からの医療要求、期待は多く、臨床を実践する場所としてヒト、モノ、カネの制限はあるものの、国立大学としての卒後教育を重視した臨床を行いつつ、他大学・研究機関との幅広い共同研究を実施して研究・教育レベルの向上に努めている。

第3、4学年に対する講義及び実白、第5、6学年に対する臨床実習を担当している。教育の目的は、卒前教育については、外科学総論と臓器別の外科診断、治療について、国家試験に即した内容を理解させ、外科学に対する興味を引き出すことである。卒後教育については、豊富な臨床例を診療させつつ教育を行い、確実な診断能力と治療技術を習得させることである。各種専門医資格（日本外科学会、日本消化器外科学会、日本乳癌学会、日本肝胆膵外科学会、日本内視鏡外科学会など）の取得を目指し、外科学（消化管外科）講座と共同して診療、教育を行っている。

2022年2月現在、肝胆膵外科、乳腺外科領域で以下の研究に取り組んでいる。