防衛医科大学校医学教育部医学科は、医師である幹部自衛官となる者を養成することを目的とする。そのために、本校所定の課程を修了し、（１）医師としてのプロフェッショナリズムを身につけ、（２）基盤的臨床能力と（３）基礎的研究能力をもち、（４）医師である幹部自衛官としての資質を備え、（５）国際社会で活動するための基本的能力をもつ者に卒業を認める。

本校医学科及び医学研究科は、平成3年8月学位授与機構（平成12年4月1日から「大学評価・学位授与機構」に改組。平成16年4月1日に独立行政法人）から学位規則に規定する大学の学部及び大学院の博士課程に相当する教育を行う課程として認定され、医学科を卒業した者には学士が、また医学研究科を修了した者には博士の学位が、それぞれ独立行政法人大学改革支援・学位授与機構（平成28年4月1日改組）が行う審査に合格した者に授与されます。

本校の医学科学生は、卒業後、直ちに医科幹部候補生（曹長）となって、約6週間、各自衛隊の幹部候補生学校において、幹部自衛官として必要な教育訓練を受けたうえ、医師国家試験に合格した者には、医師免許が与えられるとともに幹部自衛官（2尉）となります。