防衛医科大学校医学科は、将来、医師である幹部自衛官として必要な人格及び識見を養い、また自衛隊医官に対して自衛隊の任務遂行に必要な医学についての高度の理論、応用についての知識と、これらに関する研究能力を修得させるほか、臨床についての教育訓練を行うことを目的として設立されました。
6年間の教育訓練と学生舎での規律ある団体生活を通じて、医師としての知識や能のほかに、生命の尊厳への理解やあらゆる任務を遂行できる強靱な体力も養っていきます。医師であり、かつ幹部自衛官としての重責を担っていける資質を備えた人材を求めます。

本校は、学校教育法に基づき医学教育を行う大学の設置基準に準拠して教育を実施しています。進学課程においては、52単位以上を概ね1年次に習得することにしており、その内容は、一般教育（人文、社会、総合）、外国語、保健体育及び基礎教育の各科目に区分されております。
専門課程においては、173単位の医学に関する専門教育を概ね1年次の後半から6年次にわたり修得することにしています。

医学科の学生の定員は480名であり、学生数は、1学年につき80名を基準としています。

本校の医学科は、医師である幹部自衛官となるべき者の教育訓練を行うものであり、その教育は、進学課程と専門課程及び訓練課程を通じて一貫した教育を行い、自衛隊医官の特性を基調とした人格、識見ともに優れた有能な総合臨床医の養成を目標としており、その修業年限は6年です。
6年間の教育では、教育訓練及び規律ある団体生活等のあらゆる機会を通じて、医の倫理に徹し、生命の尊厳を深く認識させるとともに自主的精神、規律ある態度及び責任感をもって行動する気風並びに強健な体力とおう盛な気力を養い、医師である幹部自衛官としての職責を尽くし得る性格を育成します。
また、医学研究科においては、専攻分野における近年の進展著しい医学の現状並びに将来に対応した研究活動を行うに必要な高度の研究能力及びその基礎となる豊かな学識の育成を目標としており、その修業年限は4年です。